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スティーリー・ダンでは幅広い音楽的素養を発揮してバンドの音楽的表現の幅を広げたが、やがて目指す方向性の違いが顕著になり、1974年にスティーリー・ダンを脱退。以前にゲスト参加したことがありスティーリー・ダンのライバルといわれていたドゥービー・ブラザーズに加入した。スティーリー・ダンのツアー・メンバーだったマイケル・マクドナルドも後にバクスターの誘いでドゥービー・ブラザーズに加入する。

ドゥービー・ブラザーズでも好演を聴かせ、マクドナルド加入後はバンドの音楽性をより洗練されたAOR方向へ導く。やがてマクドナルドがバンドの主導権を握って大成功を収めるが、ロック色がまったくなくなってしまったバンドに失望、1979年にドゥービー・ブラザーズを脱退した。

その後は主にセッション・ミュージシャンとしての活動を続ける傍ら、独学で軍事技術や大量破壊兵器の専門知識を学び、軍事アナリストとしての活動も始める。

2001年にアメリカ国防総省の軍事顧問に就任（バクスターは共和党員でもある）。アメリカ同時多発テロ事件やイラク戦争で忙しい合間を縫って音楽活動も続けている。2005年にはNASAの有人探査部門の諮問委員に就任した。

—ジェフ・バクスター - Wikipedia